Como en todas las Fundaciones, el máximo órgano de gobierno, representación, administración y disposición del patrimonio de la Fundación es el Patronato. En nuestro caso, este órgano colectivo está compuesto por un Presidente de Honor, un Presidente, tres vocales institucionales que representan al Real Patronato del Museo del Prado y a las Reales Academias de Bellas Artes y de la Historia respectivamente, un Consejo de Vigilancia integrado por personalidades del mundo de la Iglesia, de la cultura y de la empresa y un Vocal Colectivo Familiar que actualmente acoge a todos los hijos de la Duquesa de Medinaceli, a quienes ostentan un título nobiliario legalmente distribuido por un duque de Medinaceli y a los nietos de la fundadora.