Fue fundada por D. Francisco de los Cobos y Molina y su esposa Doña María de Mendoza y Sarmiento.
Comenzada su construcción en 1536, fue consagrada por el Obispo de la DIócesis D. Diego Tavera, el 8 de octubre de 1559: era pontífice el Papa Pio IV y reinaba en España Felipe II.
Su titular es la Trasfiguración en el Monte Tabor. El móvil de su erección en honor "de la Stma. Trinidad e indivisa unidad" y destacando la consideración eucarística "que quiso morar hasta el fin del mundo con nosotros, dejándonos el Stmo. Sacramento del Altar".
Los Patronos obtendrían del Pio IV, la facultad de procesionar el Stmo. dentor y fuera de la iglesia, en Bula fechada en Roma, 11 de septiembre de 1561.
Daría motivo a celebración de la novena en honor del Stmo., lo que tiene lugar a partir de Resurrección, con la asistencia de un número, cada vez mayor, de fieles.
Desde 1568, se cuenta con "una partícula de la Stma. Veracruz en que murió Ntro. Señor", que donara la Fundadora a la Sacra Capilla. Cáliz de Oro, renacentista, regalo del Emperador Carlos I al fundador.